Cuando el coronel antimutante William Stryker secuestra al profesor Charles Xavier y lanza un ataque sorpresa contra la escuela de los X-Men, los héroes mutantes se ven obligados a hacer frente a una amenaza más grande que nunca. Stryker, un militar con un profundo odio hacia los mutantes, ha desarrollado un plan para erradicar a todos los que poseen habilidades especiales, comenzando por destruir la escuela que sirve como refugio y centro de entrenamiento para los jóvenes mutantes.
El ataque de Stryker deja a los X-Men luchando por proteger su hogar y, al mismo tiempo, por rescatar a su líder. Sin embargo, la situación se complica aún más cuando los héroes descubren que Stryker tiene un plan aún más devastador en mente: usar al profesor Xavier para controlar las mentes de los mutantes y convertirlos en una amenaza masiva para el mundo.
Al verse superados en número y recursos, los X-Men se ven forzados a recurrir a un aliado poco probable: Magneto. El líder de los Hermanos del Acero, archienemigo de los X-Men, posee poderes magnéticos que pueden ser clave para derrotar a Stryker. Aunque Magneto tiene sus propios intereses y objetivos, su odio hacia Stryker y el peligro que representa para todos los mutantes lo lleva a unirse, al menos temporalmente, a la causa de los X-Men.
La alianza entre los X-Men y Magneto es tensa y llena de desconfianza, pero la necesidad de detener a Stryker es más urgente que las diferencias entre ellos. Juntos, deberán enfrentarse a un ejército de soldados y tecnología avanzada, luchando por salvar no solo al profesor Xavier, sino el futuro de todos los mutantes.