El Cometa del Milenio está a punto de aparecer en el cielo, una llegada esperada con entusiasmo por todos aquellos que creen en su poder. Según la leyenda, el cometa tiene la capacidad de conceder deseos a quienes lo vean. Ash y sus amigos, emocionados por el Festival del Milenio, asisten a una sorprendente actuación mágica del Gran Butler, un ilusionista renombrado. Sin embargo, lo que más llama la atención de Max es un objeto misterioso que el Gran Butler lleva consigo. A través de este objeto, Max escucha una voz enigmática que parece llamarlo.
Durante la aparición del Cometa del Milenio, un evento extraordinario ocurre: Jirachi, el Pokémon que ha estado dormido durante un milenio, despierta. Max descubre que ha ganado un nuevo amigo en Jirachi, pero la alegría es efímera, ya que el tiempo que Jirachi puede pasar despierto es limitado a la duración del cometa en el cielo.
Mientras Max disfruta de su tiempo con Jirachi, el Gran Butler revela sus verdaderas intenciones. En lugar de compartir el deseo del cometa con los demás, Butler planea utilizar a Jirachi para revivir al legendario Groudon, un Pokémon que podría desatar caos y destrucción. Los planes del Gran Butler son oscuros y ambiciosos, y Jirachi, con su poder de conceder deseos, es el centro de su estrategia.
Ash, May, Brock y Max se enfrentan a una carrera contra el tiempo para detener al Gran Butler y evitar que Groudon regrese al mundo. Con la ayuda de Jirachi y sus habilidades, deberán enfrentarse a desafíos y superar obstáculos para proteger al Pokémon y garantizar que el deseo del cometa no sea usado para fines destructivos.
¿Podrán Ash y sus amigos evitar que los planes de Butler se concreten y salvar a Jirachi antes de que sea demasiado tarde? La batalla será intensa, y el destino de Jirachi y la paz del mundo dependen de su valentía y determinación.