La trama se desarrolla casi un año después de los acontecimientos de Mortal Kombat Legends: La Venganza de Scorpion. Tras la derrota del Reino Exterior en el torneo de Mortal Kombat, el temido emperador Shao Kahn se decide a tomar cartas en el asunto personalmente. Para ello, convoca a sus más destacados comandantes con el objetivo de orquestar un nuevo ataque. Mientras tanto, en el Reino de la Tierra, el dios del trueno Raiden se esfuerza en completar el entrenamiento de Liu Kang y al mismo tiempo convoca a los mejores luchadores de la Tierra para prepararlos para el conflicto inminente.
El equilibrio de los reinos está en juego, y la amenaza de Shao Kahn pone en riesgo la paz obtenida con tanto esfuerzo. Raiden sabe que debe reunir a los guerreros más poderosos y prepararlos para enfrentar la nueva ofensiva del malvado emperador. Con Liu Kang como uno de sus principales campeones, Raiden se enfrenta a la dura tarea de fortalecer sus habilidades y prepararlos para lo que parece ser una batalla definitiva por el destino del universo.
A medida que se acercan a la batalla, el grupo de luchadores seleccionados enfrenta desafíos personales y pruebas de lealtad que pondrán a prueba su capacidad de unirse como un solo frente. La tensión entre los guerreros y los desafíos que deben superar reflejan la magnitud del conflicto que está por venir. La historia explora el desarrollo de los personajes, sus relaciones y la evolución de sus habilidades mientras se preparan para enfrentarse a una amenaza más grande que cualquier cosa que hayan conocido anteriormente.