Después de que el agente K decidiera abandonar su trabajo en los hombres de negro, el agente J se encuentra luchando con una nueva realidad. Juntos, los agentes formaban parte de una organización secreta cuyo objetivo era proteger a la Tierra de las amenazas extraterrestres, todo mientras mantenían en secreto la existencia de los seres de otros mundos. Como agentes de esta organización, su tarea no solo consistía en imponer el orden, sino también en enfrentarse directamente a aquellos que ponían en peligro la seguridad del planeta.
El agente K, sin embargo, tomó la decisión de borrar su memoria y retirarse, con la esperanza de poder vivir una vida normal junto a su esposa. Tras esta elección, K dejó atrás su rol en los hombres de negro y, ahora, lleva una vida tranquila como un amable agente de correos, aunque ya sin la compañía de su esposa, que ha desaparecido de su vida. Por su parte, el agente J, quien veía a K como un mentor y amigo, no puede evitar sentir su ausencia y lucha por adaptarse a un nuevo equipo de trabajo.
A pesar de sus esfuerzos por seguir adelante, el agente J sigue sintiendo la falta de K y su liderazgo. A medida que el tiempo pasa, J se enfrenta a la realidad de que el grupo de agentes con el que trabaja ahora no logra reemplazar la camaradería que compartió con K. Pero una nueva amenaza está a punto de cambiar todo: una peligrosa extraterrestre conocida como Serleena llega a la Tierra con intenciones oscuras, desatando una serie de eventos que pondrán a prueba las habilidades del agente J.