Wolverine, conocido por su aguda resistencia y garras de adamantium, llega a Japón con el objetivo de reencontrarse con un viejo amigo, a quien salvó la vida años atrás. Lo que parecía un encuentro sencillo se convierte rápidamente en una serie de eventos peligrosos que lo arrastran a una conspiración mortal. La trama involucra a la poderosa yakuza, la mafia japonesa, y a mutantes con habilidades sorprendentes, obligando a Wolverine a enfrentarse a fuerzas más allá de su control.
La historia comienza cuando Logan recibe un mensaje de su antiguo amigo, quien le pide ayuda para resolver una situación complicada con la yakuza. Sin embargo, al llegar a Tokio, descubre que su amigo se encuentra atrapado en una lucha mortal con la mafia japonesa, que tiene sus propios intereses oscuros en juego. A medida que avanza la trama, Wolverine descubre que la yakuza no es la única amenaza: mutantes poderosos y desconocidos comienzan a aparecer, sugiriendo que algo mucho más grande está en juego.
Pronto, Logan se ve inmerso en una red de traiciones, engaños y batallas brutales mientras intenta salvar a su amigo y desentrañar la verdad detrás de la conspiración. Enfrentándose tanto a la yakuza como a otros mutantes, Wolverine debe decidir en quién confiar mientras lucha por su propia supervivencia. La situación se complica aún más cuando se revelan secretos del pasado de Wolverine y su relación con Japón, un país con el que tiene una conexión personal profunda debido a su historia con Mariko Yashida y el clan de los ninjas Hand.
A medida que la historia avanza, la cultura japonesa y el código de honor de la yakuza se mezclan con la impredecible violencia de los mutantes, creando un escenario tenso y lleno de conflictos internos. Wolverine debe confrontar sus propios dilemas morales mientras se enfrenta a enemigos que desafían no solo su fuerza física, sino también sus creencias.