Durante años, los extraterrestres han vivido en la Tierra, ocultos entre los seres humanos sin que nadie sospechara su presencia. Para controlar a estas criaturas de otros mundos, existe una organización secreta conocida como los Hombres de Negro (Men in Black), una agencia gubernamental con el propósito de regular y vigilar a los alienígenas que habitan el planeta. Su misión es garantizar que estos seres no causen conflictos o pongan en peligro a la humanidad.
El relato sigue a dos agentes de los Hombres de Negro en Nueva York, donde se concentra una gran parte de los extraterrestres que habitan la Tierra. Uno de los agentes es un veterano con años de experiencia en la organización, quien conoce a fondo los secretos del universo y las amenazas alienígenas. El otro es un recién reclutado, aún en proceso de aprendizaje, pero lleno de entusiasmo por la tarea que le ha sido encomendada. Ambos agentes tienen la responsabilidad de mantener el orden entre los seres humanos y los extraterrestres que residen en la ciudad.
Su rutina de monitoreo se ve interrumpida cuando descubren que un peligro mucho mayor está por desatarse. Un terrorista galáctico, con oscuros planes para la humanidad, ha llegado a la Tierra con la intención de destruirla. Este villano cósmico tiene la capacidad de acabar con la vida en el planeta, poniendo en riesgo no solo a los humanos, sino también a las especies alienígenas que se han establecido en la Tierra.
Los agentes, conscientes de la gravedad de la situación, deben unir fuerzas para detener al terrorista antes de que sea demasiado tarde. En un entorno lleno de secretos, alianzas intergalácticas y situaciones peligrosas, los Hombres de Negro luchan por proteger a la humanidad y mantener el equilibrio entre los mundos. Esta es una misión que pondrá a prueba su ingenio, coraje y lealtad, mientras enfrentan la amenaza más grande que jamás hayan conocido.