Guerra Cibernética narra la historia de Kenji Koise, un joven apasionado por las matemáticas y la informática. Tras ser eliminado prematuramente de un concurso de matemáticas, Kenji se encuentra con un verano libre y sin planes. Sin embargo, su suerte cambia cuando la popular Natsuki Shinohara, compañera de instituto, le invita a pasar las vacaciones en su pueblo junto a su familia. La invitación, en realidad, es parte de una promesa que Natsuki hizo a su bisabuela: hacer que Kenji se haga pasar por su novio.
A pesar de la naturaleza engañosa de la invitación, Kenji acepta la propuesta con la esperanza de pasar un verano diferente. Sin embargo, al día siguiente de su llegada, las cosas toman un giro inesperado. Kenji y Natsuki, junto con el resto de la familia, se ven arrastrados a una fascinante aventura en un mundo de fantasía. En este universo paralelo, la familia debe enfrentarse a desafíos y peligros, guiados por la sabia y enigmática abuela de Natsuki.
La trama mezcla elementos de ciencia ficción y fantasía, con un enfoque en la evolución personal de Kenji mientras navega por esta inesperada odisea. La historia explora temas de identidad, promesas familiares y el choque entre la realidad y la fantasía, todo mientras los personajes enfrentan pruebas que pondrán a prueba tanto su ingenio como sus lazos familiares.