
La trama de Ghost in the Shell Arise: Borders 3 se desarrolla en 2027, justo antes del final de la cuarta Guerra Nuclear. A pesar de los esfuerzos por recuperarse, la ciudad de New Port City sigue siendo un lugar marcado por las cicatrices del conflicto. En medio de esta frágil calma, un misterioso bombardeo sacude la ciudad, proveniente de una fuente desconocida. Este ataque no solo destruye una parte importante de la ciudad, sino que también desata una serie de investigaciones que revelan una red más compleja y peligrosa de lo que se esperaba.
El bombardeo parece estar relacionado con el asesinato de un individuo vinculado al tráfico de armas. Las circunstancias de su muerte son sospechosas y, a medida que la investigación avanza, se hace evidente que algo mucho más grande está en juego. Daisuke Aramaki, uno de los miembros clave del equipo de seguridad de la ciudad, se encuentra accidentalmente con Motoko Kusanagi, una figura misteriosa y de habilidades excepcionales. Batou, otro miembro del equipo, empieza a sospechar que Kusanagi está involucrada en el atentado y en la muerte del traficante de armas, lo que siembra dudas dentro de la investigación.
Simultáneamente, el detective Togusa comienza a investigar un caso paralelo: el asesinato de una prostituta. Aunque este crimen parece no tener relación con el bombardeo, la trama demuestra que ambos eventos están más conectados de lo que inicialmente parecía. A medida que la investigación avanza, las piezas del rompecabezas empiezan a encajar, revelando que una poderosa conspiración se esconde detrás de estos crímenes aparentemente aislados.